精子畸形率异常百分之九十，属于严重的少精症。通常导致精子畸形率异常的原因有很多，如不良生活习惯、环境因素、泌尿生殖系统感染，以及遗传因素等。

1、不良生活习惯：例如经常手淫、熬夜、吸烟、喝酒等，长期如此可能会影响精子的质量，导致精子畸形率异常百分之九十。建议可以养成良好的生活习惯，早睡早起、规律饮食，避免熬夜，戒烟戒酒，适当锻炼身体，有利于恢复;

2、环境因素：例如处于甲醛超标的环境，或者接触重金属、有机磷农药等，也可能会导致精子畸形率异常百分之九十。建议选择空气新鲜、无污染的地方居住或工作，并且调理好身体状态，有利于恢复;

3、泌尿生殖系统感染：例如支原体、衣原体、病毒等感染，容易影响精子的质量，导致精子畸形率异常百分之九十。建议及时到医院进行相关检查明确诊断，并在医生指导下使用敏感抗生素进行治疗，例如阿奇霉素、罗红霉素等;

4、遗传因素：主要是由于染色体异常导致，存在精子畸形率异常百分之九十的情况时，男性可以遵医嘱使用生精胶囊等药物提高精子的质量。但治疗只能够改善百分百的现象，并不能完全治愈，存在后续治疗的必要性。

患者在治疗期间也要注意调整饮食结构，多食用含有蛋白质、维生素的食物，如牛奶、鸡蛋、西红柿、苹果等。同时避免熬夜，有利于身体恢复，对于提高精子畸形率也具有一定辅助作用。