精子畸形症的治疗费用，主要取决于治疗方法，不同的治疗方法，治疗费用也会有所不同，常见的治疗方法包括药物治疗、手术治疗。

1、药物治疗：如果精子畸形症的情况不是特别严重，患者没有出现明显的临床症状，一般建议以药物治疗为主，暂时不需要进行其他特殊治疗，费用一般在1-2万元。常用的药物有生精胶囊、左卡尼汀口服溶液、他莫昔芬片等，一般适用于轻度精子畸形症患者。而对于严重的精子畸形症，如严重的少精症、弱精症、畸形精子症等，可能需要遵医嘱应用5α-还原酶抑制剂、雄激素等药物进行治疗，其治疗费用一般在3-5万元;

2、手术治疗：精子畸形症较严重的患者，如严重的精索静脉曲张、重度的尿道下裂、反复的流产等，一般需要考虑进行手术治疗。如果是进行精索静脉曲张的手术，一般是选择腹腔镜下精索静脉高位结扎术，其属于微创手术，总体住院时间较短，手术费用大概为1-2万元。而如果是进行尿道下裂的手术，或者是反复流产的患者，可能需要进行尿道成形手术，此时费用一般在5-10万元。

由于不同地区医院水平不同，所以收费标准也会有所差异。建议患者可以及时就医，根据自身情况选择合适的治疗方法。