常用药物有：
口服补液盐：WHO推荐新的低渗ORS液。
胃肠粘膜保护剂：常见的有蒙脱石散，也要适当使用，以免继发便秘。
微生态制剂：主要成分为益生菌，一种是活菌，另一种是死菌或其代谢物。活菌不能与抗生素同时服用，最好在服用抗生素后2小时服用。
抗生素:不要因为大便中发现少量白/红细胞而使用抗生素，这会导致抗生素相关性腹泻。一般来说，病毒感染引起的腹泻主要是饮食和支持治疗，不使用抗生素；非侵入性细菌引起的腹泻一般只使用饮食和支持治疗，抗生素可根据情况选择。抗生素只能用于侵袭性和混合性细菌引起的腹泻。在确定有严重细菌感染的情况下，由于粪便培养至少需要3天才能得到结果，抗生素通常首先经验使用，然后考虑是否需要在培养结果出来后更换抗生素。如果使用抗生素，应连续使用至少5种～7天，以免引起耐药性或病情延迟。
2009年版《儿童腹泻诊疗原则专家共识》的治疗原则:强调尽快口服补液，继续喂养，识别脱水症，补锌，提倡母乳喂养，推荐新的低渗ORS配方。
2009年版《儿童腹泻诊疗原则专家共识》提醒：及时将未改善或出现以下症状的儿童送往医疗机构进行治疗和诊断：①腹泻严重，大便次数多，或腹泻量大，②不能正常饮食，③经常呕吐、不能口服给药的，④发热(38℃，3-36月儿童体温>39℃)，⑤明显口渴，发现脱水体征，如眼窝凹陷、泪液减少、粘膜干燥或尿量减少等，神志变化，如易激怒、冷漠、嗜睡等，⑥粪便带血。⑦年龄6个月，早产儿，有慢性病史或并发症。