生殖器起小水泡、瘙痒，可能是由多种原因引起的，并不一定是生殖器疱疹。常见的包括单纯疱疹病毒感染导致的生殖器疱疹、尖锐湿疣等。

1、单纯疱疹病毒：如果患者感染了单纯疱疹病毒，则可能会出现上述症状，一般还会伴有疼痛或灼热感等症状。此时建议及时就医，在医生指导下使用阿昔洛韦乳膏进行治疗；

2、尖锐湿疣：是由人乳头瘤病毒感染引起的一种性传播疾病，主要通过性接触传染。当患者的外阴部位受到HPV（人类乳头状瘤病毒）感染时，可表现为局部皮肤黏膜赘生物和异常分泌物增多的情况，从而引发该现象。通常需要在专业医师操作下采用激光或者冷冻的方式去除病灶，同时配合涂抹咪喹莫特软膏辅助治疗；

3、其他因素：如过敏反应、疥疮结节等原因也可造成类似情况的发生。若为过敏所致，可以遵医嘱口服抗组胺药物缓解不适，比如氯雷他定片、盐酸西替利嗪胶囊等；若是由于疥虫寄生所造成的，可在医生指导下应用硫磺洗剂清洗患处并涂抹苯甲酸苄酯搽剂改善病情。

梅毒也有可能会导致此类情况发生，但较为少见。因此一旦发现身体有明显异样，请尽快前往医院就诊，以免延误最佳治疗时间。日常生活中要注意个人卫生清洁与护理，避免高危行为，保持良好的生活习惯。