月经推迟三天才来颜色发黑，可能是由于生活因素、先天性子宫发育异常、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退等因素所导致，建议女性及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。

1、生活因素：如女性过度劳累、长期熬夜等，可能会导致内分泌紊乱，使月经推迟，由于月经量较少，在阴道内被氧化后呈黑色，表现为月经推迟三天才来颜色发黑的现象，女性平时要注意休息，保证睡眠充足，避免过度劳累;

2、先天性子宫发育异常：是指子宫段的长度和形状出现异常，导致子宫内膜脱落较晚，引起月经推迟，由于脱落的子宫内膜较少，导致月经推迟三天才来颜色发黑的现象，女性可遵医嘱使用醋酸环丙孕酮片等药物进行治疗，必要时可进行手术治疗，如子宫楔形切除术等;

3、多囊卵巢综合征：是一种常见的生殖内分泌代谢性疾病，由于雄激素增高导致月经推迟，使子宫内膜无法正常脱落，出现月经推迟三天才来颜色发黑的现象，女性可遵医嘱使用醋酸环丙孕酮片、枸橼酸氯米芬片等药物进行治疗;

4、甲状腺功能减退：由于自身免疫性甲状腺炎、甲状腺肿瘤等各种原因导致甲状腺功能下降，使自身甲状腺激素分泌不足，导致月经紊乱，出现月经推迟三天才来颜色发黑的现象，女性可遵医嘱使用左甲状腺素钠片等药物治疗。