精子畸形率不高但是活力低可能与不良生活习惯、环境因素、精索静脉曲张、内分泌异常等因素有关，建议就医检查明确诊断，并且遵医嘱进行针对性治疗。

1、不良生活习惯：如大量饮酒、吸烟，可能会导致精子畸形率不高但是活力低，最好戒烟戒酒，合理休息，适当锻炼身体，通常会自行改善;

2、环境因素：如果长期处于污染环境中，大量接触化学毒物，可能会影响精子质量，导致精子畸形率不高但是活力低。建议保证室内空气清新，选择无污染的环境工作或生活;

3、精索静脉曲张：患有精索静脉曲张疾病时，可能会对睾丸局部血液循环造成影响，使睾丸部位缺血缺氧，导致精子畸形率不高但是活力低。可应用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗，严重时需考虑手术治疗，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术;

4、内分泌异常：当患者体内雄激素缺乏过多时，可能会影响到精子的生成以及发育，导致精子畸形率不高但是活力低。确诊以后应当遵医嘱使用补充雄激素的药物进行调理，如十一酸睾酮胶囊;

5、其他因素：患者长期大量接触放射线，可能会导致精子发生变异，从而导致精子畸形率不高但是活力低。日常应避免接触放射线，如果病情严重时需要进行手术治疗，如睾丸移植手术。