智齿肉肿了疼可以通过清洁口腔、使用消炎药物、拔除智齿等方式进行处理，具体如下：
1、清洁口腔：可以选择使用双氧水或盐水进行漱口，也可以通过用毛比较软的牙刷仔细刷牙；
2、消炎药物：患者可以选择服用甲硝唑片、人工牛黄甲硝唑胶囊、替硝唑片等药物进行治疗，必要时也可能需要输液治疗，具体用药和用法用量应该结合自身情况咨询医生，遵医嘱用药；
3、拔除智齿：尤其是对于经常发炎、经常疼痛、疼痛难忍的智齿，应该到正规的医院或者口腔医院进行拔牙处理，智齿本身作用不大，没有必要保留；
4、其他：如果患者短时间内疼痛难忍，建议可以通过局部冷敷或者含冰块的方法进行镇痛，不要经常去舔智齿肉肿的部位，此外，患者日常生活中也要注意牙齿的清洁。