根管治疗后牙齿还会疼可能是因为在进行根管治疗时操作不规范，器械穿出根尖孔，损伤根尖周组织，并将坏死感染物推出根尖孔；也可能是因为封药剂量过多或药物刺激性过强，刺激根尖周组织产生炎症反应，牙胶尖或其他充填物也可能会持续刺激根尖周组织；又或是充填时机不合适，多见于根尖急性炎症尚未消除即行充填，使炎症加重，又或者是根充不足，残留牙髓，导致残髓炎，造成疼痛。
可暂时口服抗生素或解热镇痛药予以观察，比如布洛芬等，如果疼痛一直持续应该及时就医治疗，以免存在残髓炎，否则容易继发出现根尖周炎等疾病。根管治疗后疼痛，如果很轻微，一般3至6天可好转；如果疼痛很剧烈，就要及时复诊，也可行激光或超短波理疗；如果是充填不足或超充，则应重新做规范的根管治疗。