牙根底部隐隐作痛，考虑是牙周炎、牙周脓肿以及慢性牙髓炎等导致，需要及时到口腔科就诊，根据不同情况在医生指导下给予相应的措施，包括根管治疗或牙周抗感染治疗。具体介绍如下：
1、牙周炎：牙周组织受到细菌感染后，会使局部组织因为炎性因子的刺激而产生疼痛不适感，治疗上主要是注意口腔卫生，同时给予抗感染药物治疗，例如阿莫西林胶囊、人工牛黄甲硝唑胶囊、甲硝唑片等。
2、牙周脓肿：当牙周炎发展到一定程度时，会在牙周袋壁形成局限性脓肿，会出现明显的疼痛，治疗上需要行切开排脓处理。
3、慢性牙髓炎：龋齿未能得到有效的治疗，洞内的细菌感染至牙髓，牙髓细胞逐渐分解液化形成慢性牙髓炎，临床中可出现冷热刺激、隐痛等症状，治疗上需要进行完善的根管治疗。
此外，根尖周炎也可以引起根尖周组织的疼痛，需要及时就医，在医生指导下进行检查，然后进行相应的根管治疗或牙周处理，避免造成不良后果。