经期第六天有褐色分泌物，可能是经血残留、阴道炎、子宫内膜炎、宫颈炎、子宫内膜息肉等原因引起的，建议及时就医，在医生指导下给予相应的改善或治疗措施。具体如下：
1、经血残留：经期第六天通常还没有完全结束，可能会导致阴道有少量的经血残留，会随着分泌物排出，所以会出现褐色分泌物，属于正常现象，可以用温水对阴部进行清洗，保持干爽清洁内裤要每天更换，能够预防感染。
2、阴道炎：一般是细菌感染、不良的卫生习惯引起的，会引起阴道分泌物增多或褐色分泌物，还会伴有阴道瘙痒，需要配合医生使用甲硝唑栓、替硝唑栓、克霉唑栓等药物进行治疗，用温水将阴部清洗干净，将药物放入阴道深处，用药后要注意卧床休息，避免有太多活动。
3、子宫内膜炎：可能是病原体感染、频繁的宫腔操作所致，会导致子宫内膜异常脱落，从而引起阴道少量出血，会出现褐色分泌物，并伴有腹痛、分泌物增多，需要遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟片、头孢呋辛酯片等药物进行治疗，能够起到抑菌消炎的作用，月经期间要注意加强卫生护理，卫生巾要及时更换，能够预防感染。
4、宫颈炎：通常是病原体感染或者使用劣质的卫生棉条所致，会导致阴部出现褐色分泌物，还会伴有明显的异味，可以根据医嘱服用甲硝唑片、替硝唑片、盐酸多西环素片等药物进行治疗，从而起到抗感染的作用，还要注意加强护理，可以多卧床休息，一般可以选择半卧位，能够预防炎症扩散。
5、子宫内膜息肉：通常是体内的性激素水平偏高、遗传引起的，会导致子宫内膜面积增大，会引起月经增多或者月经淋漓不尽，所以月经第六天还会有褐色分泌物，可以通过宫腔镜息肉切除术治疗，术后要注意多卧床休息，半月内避免性生活。
除此以外，也有可能是子宫肌瘤等因素引起的，可以到医院检查和治疗，月经期间要避免吃生冷的食物，比如冰淇淋或者螃蟹，能够减少对月经的影响。