两个月宝宝蛋白质消化不良可能是饮食不当、发育不完全、乳糖不耐受、过敏、急性胃肠炎等引起的，可通过合理喂养、调整饮食、使用药物等方式处理，建议家长及时带其就医检查，明确原因后对症处理。
1.饮食不当：如果家长给宝贝过量喂养蛋白质，可能加重其胃肠道的负担，肠道蠕动减慢，出现消化不良的情况。建议喂养时注意适量，适当控制喂养量，可采取少食多餐的方式进行喂养。
2.发育不完全：宝宝的消化系统发育还不完全，可能无法完全消化吸收蛋白质，从而出现上述情况。建议家长及时给宝宝调整饮食，一般可随着身体发展而改善身体症状。
3.乳糖不耐受：若宝宝存在乳糖不耐受的情况，体内可能缺乏乳糖酶，无法完全消化吸收乳糖，引起腹胀、腹痛、消化不良等症状。家长可以给宝宝更换奶粉，替换为无乳糖的奶粉，帮助改善不适。
4.过敏：如果婴儿对蛋白质过敏，胃肠道可能出现不适症状，引起恶心、呕吐、腹泻等情况。家长应尽量避免让宝宝接触、摄入此类过敏原，也可以在医生的指导下给宝宝使用维生素C片、硼酸氧化锌软膏、氟芬那酸丁酯软膏等药物，能起到抗过敏的作用。
5.急性胃肠炎：卫生不良、感染等可能导致急性胃肠炎，出现恶心、腹痛、腹泻、消化不良等症状。此时可在医生的指导下使用枸橼酸铋钾片、复方黄连素片、肠炎宁颗粒等药物，能起到保护胃黏膜、行气止痛的作用。
家长应做好宝宝的护理工作，平时也要注意让其适当饮水，加速身体新陈代谢，对身体的恢复有一定好处。