合格精子畸形率通常指的是精子正常形态指数，精子正常形态指数在32%-39%为正常，超过40%为畸形精子症。导致精子正常形态指数出现异常的原因有很多，如不良生活习惯、泌尿生殖系统感染、环境因素、精索静脉曲张等。

1、不良生活习惯：如果男性在日常生活中经常吸烟、喝酒、熬夜，或者是接触到刺激性的化学物质等，都可能会造成精子的畸形率增加，甚至出现弱精症或者是无精子症。建议男性在日常生活中合理休息，避免熬夜，戒烟戒酒，远离化学物质;

2、泌尿生殖系统感染：如果男性存在泌尿生殖系统感染，如前列腺炎、精囊炎或者附睾炎等，也可能导致精子的畸形率增加。建议男性进行尿常规、前列腺液常规检查，明确诊断;

3、环境因素：如果男性长期处于污染环境当中，或者经常接触到辐射等，也有可能会造成精子正常形态指数下降;

4、精索静脉曲张：当患有精索静脉曲张疾病时，可使睾丸局部温度增高，还可影响睾丸内分泌功能，导致雄激素水平下降，使精子畸形率增加。

还可能是睾丸、附睾结核、睾丸肿瘤等疾病导致的，需要结合病史以及相关检查进行鉴别诊断。如果明确存在精子畸形率高的情况，建议及时针对原发病进行治疗，如遵医嘱使用异烟肼片、利福平胶囊等药物抗结核治疗，或者进行手术治疗。