精子畸形率99%，其他检查结果均正常，可能是生理性因素导致的，也有可能是精索静脉曲张、睾丸炎等病理性因素引起的。患者需要根据病因进行针对性治疗。

一、生理性因素

如果长期处于高温环境下工作或者经常穿紧身内裤，可能会使局部温度升高，从而影响到精子的质量，出现精子畸形的情况。建议平时要避免长时间在高温环境中工作，并且也要注意生殖器部位的清洁卫生。

二、病理性因素

1.精索静脉曲张：由于血液回流受阻，可引起阴囊坠胀不适等症状，同时还会伴有精子质量异常的现象发生。对于轻度精索静脉曲张者，可以遵医嘱口服迈之灵片、地奥司明片等药物缓解症状；而对于重度精索静脉曲张，则需考虑手术治疗，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术。

2.睾丸炎：通常是受到细菌感染所造成的，在发病期间通常会出现睾丸肿大以及疼痛等情况，如果没有及时采取任何方法处理，可能会影响到精子的质量，甚至还有可能会造成死精症或者是无精症。如果是细菌感染引起的，可以在医生指导下服用盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟胶囊等药物治疗；如果是病毒感染引起的，可以遵医嘱使用阿昔洛韦片、更昔洛韦分散片等药物治疗。

除此之外，还可能与附睾炎有关，建议就医后明确原因对因治疗。