男性精子畸形率高、数量少，常见原因包括不良生活习惯、泌尿生殖系统感染、内分泌异常、遗传疾病等，需要根据具体原因进行相应的处理，不建议自行用药。

1、不良生活习惯：如果男性长期吸烟、喝酒、熬夜，以及接触化学毒物等，可以使精子发生畸形率改变，出现弱精症或者无精子症。建议男性改善不良生活习惯，如戒烟戒酒，避免熬夜以及接触化学毒物等，可能会有所恢复;

2、泌尿生殖系统感染：如附睾炎、精囊炎、前列腺炎等，可以导致精液中出现炎症细胞，炎症细胞可以吞噬精子，从而导致精子畸形率高、数量少。此时需要进行抗菌治疗，如遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星片、阿奇霉素片等药物进行治疗;

3、内分泌异常：如甲状腺功能异常、糖尿病等，可以导致激素水平异常，从而影响精子质量，导致精子畸形率高、数量少。此时需要根据病情遵医嘱使用药物治疗，如甲状腺功能异常可使用左甲状腺素钠片等药物，糖尿病患者可遵医嘱使用盐酸二甲双胍片等药物控制血糖;

4、遗传疾病：如染色体异常、克氏综合征等，可以导致精子畸形率高、数量少，目前尚无良好治疗方法，临床上可通过试管婴儿等方式辅助生育。

另外，如果男性长期在不良环境下工作和生活，可以导致身体素质下降以及精子质量下降，容易导致精子畸形率高、数量少的情况。建议男性避免长期处于受污染的环境中，注意休息，避免熬夜。