精子畸形率高、总活力低可能是长期熬夜、长期饮酒或吸烟、精索静脉曲张、弱精子症等因素所导致，建议及时明确原因，根据原因采取相应的处理措施。

1、长期熬夜：当男性存在不良的生活习惯时，可能会导致精子生成受到影响，出现精子畸形率高、总活力低的情况。建议男性避免熬夜，保证充足的睡眠;

2、长期饮酒或吸烟：当男性存在不良的生活饮食习惯时，可能会诱发精子生成受到影响，出现精子畸形率高、总活力低的现象。建议男性戒烟戒酒，避免吸入二手烟;

3、精索静脉曲张：如果患者存在精索静脉曲张，可能会影响到睾丸部位的供血，使睾丸部位的生精功能受到影响，引起精子畸形率高、总活力低的情况。建议患者在医生指导下使用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗;

4、弱精子症：通常与感染、内分泌异常等因素有关，由于弱精子症会导致精子的质量受到影响，所以会引起精子畸形率高、总活力低。患者应在医生指导下使用生精胶囊、头孢地尼分散片等药物进行治疗，必要时需要通过手术进行治疗。

除上述原因外，当患者存在睾丸炎、附睾炎等疾病时，可能也会影响精子的质量，引起精子畸形率高、总活力低。睾丸炎患者需要遵医嘱使用头孢拉定胶囊、阿莫西林胶囊等药物治疗。附睾炎患者需要遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星片、盐酸莫西沙星片等药物进行治疗，必要时可以通过手术进行治疗。