精子畸形率高，输精管堵塞是导致男性不育的主要原因，可能由先天发育畸形、感染、手术损伤、精索静脉曲张等因素导致，需要根据不同原因进行治疗。

1、先天发育畸形：如果存在精索静脉曲张，可以导致精索内血管迂曲扩张，会影响到睾丸的生精功能，导致精子畸形率过高。对于这种情况，可以通过手术将精索静脉高位结扎，从而达到治疗目的;

2、感染：如附睾炎、前列腺炎、精囊炎等，可以导致精液中出现致病菌，导致精子的形态、功能等出现异常，表现为精子畸形率高，需要根据病因进行治疗，如遵医嘱使用注射用头孢曲松钠、阿奇霉素胶囊等;

3、手术损伤：如进行生殖系统手术时造成的生殖系统损伤，导致精子发生畸形，需要根据情况进行修复手术，如阴囊皮肤造口术等;

4、精索静脉曲张：可以导致睾丸的温度升高，生精小管上皮细胞的功能受损，导致精子畸形率高，可以遵医嘱使用迈之灵片、地奥司明片等进行治疗。

出现精子畸形率高，输精管堵塞的情况时，建议及时就诊男科或泌尿外科，通过染色体检查、核磁共振检查、CT检查等明确诊断，然后在专业医生的指导下进行针对性治疗，以免延误病情。