刚出生三天的宝宝心脏有杂音，可能是生理性原因引起的，也有可能是病理性原因导致的，例如贫血、心肌炎等。如果是病理性原因导致的，需针对不同的原因采取针对性的治疗。具体如下：
一、生理性原因
一般在宝宝刚刚剧烈活动以后，容易出现心脏有杂音，例如宝宝剧烈哭闹以后，在情绪恢复之后，杂音会自行消除。
二、病理性原因
1、贫血：如果宝宝贫血比较严重，会影响到心脏的血液供应，导致心脏有杂音。一般需要及时住院治疗，采取静脉注射的方式输血，有助于改善贫血。
2、心肌炎：多见于病毒性心肌炎，主要是由于病毒感染引起的，若病情严重，需在医生指导下服用抗病毒药物，例如抗病毒口服液、连花清瘟颗粒、四季抗病毒合剂等。
除上述原因外，还有可能是先天性心脏病等导致。如果再次听诊心脏仍然有杂音，建议及时到医院进一做相关检查加以诊断，并在医生明确诊断下给予措施。