甲状腺结节直径大于3厘米，有可能是甲状腺良性结节，也有可能是甲状腺恶性结节，需根据不同的情况采取药物治疗、放射性碘治疗、手术治疗或放射性治疗等。具体治疗方法需明确诊断后遵医嘱进行。具体介绍如下：
一、甲状腺良性结节
1、药物治疗：如果是由于甲状腺功能亢进症引起的甲状腺良性结节，一般需要遵医嘱服用抗甲状腺药物进行治疗，例如甲巯咪唑片、甲硫氧嘧啶片、丙硫氧嘧啶片等。
2、放射性碘治疗：如果是甲状腺良性结节，也可以通过放射性碘治疗，也就是碘-131治疗。放射性碘，是利用碘的放射性同位素发射β射线作用于人体正常的甲状腺组织，从而破坏甲状腺细胞来减少甲状腺激素分泌量的一种治疗方法，可以使得甲状腺良性结节缩小。
3、手术治疗：如果是因为甲状腺腺瘤导致的甲状腺良性结节，也可以采取手术治疗，例如微波消融术。
二、甲状腺恶性结节
1、手术治疗：甲状腺恶性结节如果病理检查结果确诊，在确诊后应及早采取手术治疗，例如甲状腺全切术。
2、放射性治疗：甲状腺恶性结节切除术后，为了减少复发的几率，一般还需要做进一步的放射性治疗，即放疗，可以提高患者的治愈率和生存率。
除上述治疗方法外，甲状腺恶性结节还需要根据情况采取介入治疗或消融治疗，以及进一步的化疗、终身的药物治疗等，同时还要定期去医院复查甲状腺功能。总之，建议患者及时到医院就诊，在医生的指导下根据不同情况采取针对性的治疗措施。