漱口水常规使用对人体是没有害处的，过量使用、长期使用可能会影响口腔黏膜等，常见黏膜着色、口干、味觉减退等症状，如果使用不当可能会有腹泻、腹痛等，建议遵从医嘱或者使用说明用漱口水。
漱口水常用的有抗菌消炎、治疗黏膜病、清新口气等几种，可能会含有碘制剂、氟化物、酒精、香精等成分。
漱口水长期使用或者过量使用可能会导致口腔黏膜着色，最常见的是含碘的漱口水使舌头变黄。
使用漱口水由于有抑制菌群的作用，长期使用可能会使口内菌群失调，可能在抑制有害的菌群的同时也抑制了对口腔黏膜有益的细菌，这时口内会有发干不适的症状，同时口腔内抵抗力低下，容易口腔念珠菌感染，导致味觉减退。
有很多漱口水都是只能含漱不能口服的，如果没有仔细看说明或者遵从医嘱使用，过量口服漱口水可能会灼伤胃肠道，导致胃肠菌群失调，出现腹痛、腹泻甚至呕吐等症状。