一般情况下，皮蛋生吃是有细菌的。
皮蛋是一种碱性食物，主要由盐、茶及碱性物质制成，在制作的过程中，会添加碳酸钠和生石灰，所以蛋白质会呈现出凝胶特性，皮蛋具有清热凉血、滋阴润肺的作用，适量食用可以帮助人体清除大肠火，还可去除肺脏的燥热，缓解口渴、口干的症状。其次，皮蛋还有健胃消食的作用，有利于促进食欲和对营养的吸收，此外，皮蛋还富含蛋白质、卵磷脂、维生素和微量元素等营养物质，患者适量食用可补充机体营养，促进机体发育。
皮蛋中的碱性物质在分解过程中会产生氨，若是氨摄入过多，容易刺激胃肠道，导致患者的胃酸分泌过多、胃黏膜损伤等，有时还可能会出现腹痛、腹泻、恶心等不适症状，若是生吃皮蛋，可能会摄入更多的氨，此外，若皮蛋制作过程中没有将沙门氏菌彻底消灭，细菌可能会通过蛋壳进入蛋内，若患者生吃易被其感染，从而出现胃肠道的不适症状。因此不建议患者生吃皮蛋，以免被细菌感染。
需要注意的是，皮蛋含有一定量的铅。因此不可大量食用，以免引起铅中毒，一旦进食皮蛋后，出现不适症状，应及时就医。