毛囊萎缩可能是由于毛囊性扁平苔癣、斑秃、脂溢性脱发等原因导致的，不同的原因选择的药物存在差异性，一般多会选择免疫抑制剂、糖皮质激素类等药物治疗。具体情况分析如：
1、毛囊性扁平苔藓：在进行治疗时，一般多会选择糖皮质激素类药物，比如泼尼松、糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等，能够使损伤和炎症得到及时的控制，而对于糖皮质激素使用无效者可以选择硫唑嘌呤、环孢素、异维A软胶囊等药物治疗。
2、斑秃：一般斑秃导致的毛囊萎缩，建议采用米诺地尔搽剂外用，面积大和反复出现的斑秃，建议系统检查找明原因后可系统皮质醇激素等药物治疗。
3、脂溢性脱发：因脂溢性脱发导致的毛囊萎缩，建议口服非那雄胺、螺内酯、米诺地尔搽剂、二硫化硒洗剂等治疗。
毛囊萎缩除了选择药物治疗外，还需要多注意加强头发根部的营养，进行清洁按摩，促进血液循环，使毛囊重新吸收营养，有助于毛囊恢复。另外，还需要多注意摄入高蛋白食物，避免食用辛辣、刺激性、高脂肪等食物，同时要保证充足睡眠。