男孩在11岁时出现阴茎发育不明显的情况，可以通过阴茎大小测量、外观检查、染色体检查、内分泌检查、睾丸检查等方式检查。
1、阴茎大小测量：通过测量阴茎的长度和周长，可以评估其是否符合该年龄段的正常标准。这有助于确定阴茎是否存在明显的发育不良。
2、外观检查：仔细观察阴茎的外观，注意其形态和发育情况。检查是否存在包皮过长或包茎的情况，这些因素可能影响阴茎的正常发育。观察阴茎是否出现发育不良的表现，如畸形或异常。
3、染色体检查：染色体异常可能导致男孩的生殖系统发育受到影响。因此，进行染色体检查可以帮助确定是否存在染色体疾病。
4、内分泌检查：内分泌疾病如甲状腺功能减退或性激素水平异常也可能影响阴茎的发育。因此，建议进行甲状腺功能测定和性激素六项检查，以了解体内激素水平是否正常。
5、睾丸检查：通过触诊或超声检查评估睾丸的大小和质地。睾丸发育不良或功能异常可能导致雄激素分泌不足，从而影响阴茎的发育。
建议进行多方面的检查以确定原因。根据检查结果，医生可以制定针对性的治疗方案，帮助孩子恢复正常的生殖器官发育。