一般情况，小孩凌晨1~3点咳嗽可能是环境因素、呼吸道感染、过敏性鼻炎、胃食管反流、过敏性咳嗽等原因引起的，可以到正规医院进行检查，在医生指导下通过物理治疗或者药物治疗等方法改善。
1、环境因素：凌晨时分，空气温度较低且可能较为干燥，如果室内湿度不够或孩子保暖不足，可能刺激呼吸道引发咳嗽。保持室内温度适宜，避免过冷；使用加湿器增加室内湿度，保持空气湿润。
病理因素
2、呼吸道感染：孩子年幼，呼吸道黏膜柔嫩，易受细菌、病毒等病原体感染，引发上呼吸道感染、支气管炎等，导致夜间咳嗽。在医生指导下使用止咳药，如小儿肺热咳喘颗粒、小儿热速清颗粒等；若存在细菌感染，需使用抗生素，如头孢类、青霉素类等。
3、过敏性鼻炎：凌晨冷空气刺激鼻腔黏膜，导致分泌物增多，形成鼻后滴漏，刺激咽喉部引发咳嗽。使用生理性海盐水冲洗鼻腔，减少分泌物刺激；在医生指导下使用抗组胺药，如氯雷他定片、盐酸西替利嗪滴剂等，以减轻过敏反应；注意回避过敏原，尤其是吸入性过敏原。
4、胃食管反流：孩子夜间平卧时，胃内容物及胃酸可能反流至咽喉部，刺激咽喉部引发咳嗽。可遵从医生指导使用枸橼酸莫沙必利颗粒、奥美拉唑肠溶胶囊等药物治疗。
5、过敏性咳嗽：孩子体质敏感，夜间接触冷空气、花粉、尘螨等过敏原，导致气道反应性增高，引发咳嗽或咳嗽变异性哮喘。给予抗组胺药物治疗，如氯雷他定颗粒、盐酸左西替利嗪颗粒等；对于咳嗽变异性哮喘，可使用吸入用布地奈德混悬液、吸入用硫酸沙丁胺醇溶液等支气管扩张剂和糖皮质激素进行治疗。
注意保持室内空气清新，避免孩子接触过敏原。注意加强孩子的日常护理和预防措施，以减少咳嗽的发生。