扁桃体结石在临床上的表现一般为咽痛和异物感，体积较小时，通常没有明显的症状，不会引起喉咙痛。但结石较大时，卡在扁桃体凹处，引起周围炎症和化脓性感染，会导致反射性耳痛、吞咽困难和张口受限等症状，通常会引起喉咙痛。
若扁桃体结石较小，一般较少出现明显的症状。当扁桃体结石增大之后，症状就会越发的明显，继而引发口臭、吞咽困难、耳痛、咽喉反复疼痛的情况。严重者扁桃体严重肿胀，可伴随咳嗽等不适情况产生。患者可遵医嘱使用复方硼砂溶液、阿莫西林胶囊等药物进行治疗，对口腔具有清洁、杀菌作用，可有效缓解症状。
结石刺激隐窝部位，会导致炎症迁延不愈，发展成为扁桃体周围脓肿。患者可遵医嘱使用氯己定含漱液消除扁桃体结石，或遵医嘱服用双黄连颗粒进行治疗，可以达到清热利咽、缓解咽部不适的目的。对于较小的结石可由医生采用刮匙或者是钳子取出，对于顽固性扁桃体结石或结石较大，影响吞咽功能，且保守治疗效果不佳者，必要时可采取扁桃体切除术进行治疗，可有效缓解症状。
如果出现上述情况，需要及时去医院进行探针探查、口腔X光片检查、切片等检查。日常生活中，应当注意平时可用温和的漱口液或淡盐水漱口，以清除口腔内的细菌，缓解不适症状。