精子射入体内疼痛可能是阴道发炎、尿道结石、精液过敏等原因，一般可以到医院妇科做检查，查找原因后做针对性治疗。
1、阴道发炎：可能是阴道正处在发炎期间，精子在摄入之后对阴道造成刺激，从而引起疼痛。出现阴道发炎一般需要禁止性生活，可以在医生指导下通过服用克林霉素胶囊、甲硝唑片、替硝唑片等药物治疗。
2、尿道结石：可能是出现肾结石或者膀胱结石，结石随着尿液进入到尿道没有排泄到体外，造成精子射入体内出现疼痛。一般比较小的尿道结石可以通过多喝水及跳跃运动排出，结石比较大，还需要做体外碎石。
3、精液过敏：可能是个人的体质比较敏感，对精液过敏，导致精子射入体内疼痛。一般可以通过佩戴避孕套避免精子摄入，也可以通过服用抗过敏药物，比如西替利嗪片、氯雷他定片、扑尔敏等药物。