克痤隐酮凝胶和甲硝唑凝胶都可以用来治疗痤疮，由于个人体质不同以及痤疮成因不同，两个药疗效也有所不同，不存在哪个药更好的说法。
克痤隐酮凝胶主要成分是丹参酮、维A酸、甲氧苄啶、维生素E等。功效偏向于抑制毛囊口角化。甲硝唑凝胶主要成分是甲硝唑，功效偏向于杀灭痤疮丙酸杆菌。
克痤隐酮凝胶一般用于治疗闭合性痤疮，闭合性痤疮皮疹颜色多呈肉皮色，体积较小，无明显自觉症状。甲硝唑凝胶通常用来治疗炎性痤疮，炎性痤疮通常颜色发红，体积较大，伴有明显的疼痒等不适感。除了痤疮之外，克痤隐酮凝胶对于痤疮留下来痘印也有一定的治疗效果。甲硝唑凝胶和克痤隐酮凝胶不冲突，所以可以同时使用增强疗效。
克痤隐酮凝胶由于成分较多，所以比甲硝唑凝胶容易过敏，对皮肤的刺激性大一些。干性皮肤、皮肤有破口，一般不建议使用克痤隐酮凝胶，甲硝唑凝胶有时会引起眼睛流泪，建议在医生指导下用药。