精子畸形率高的男性不一定不能怀孕，精子畸形率高是指精液中畸形率超过96%，主要影响受孕的概率，不是所有的精子畸形都不能怀孕。精子畸形率高的原因较多，如不良生活习惯、泌尿生殖系统感染、遗传疾病等，需要进行积极治疗。

1、不良生活习惯：抽烟、喝酒，长期熬夜、精神压力大、运动量少等不良生活习惯，可能会导致精子质量下降，出现畸形率高的情况，此时建议规律作息，避免熬夜，戒烟戒酒，适当运动，可以有效改善精子畸形率;

2、泌尿生殖系统感染：如附睾炎、前列腺炎、精囊炎、睾丸炎等疾病，可能会导致精液中白细胞、红细胞、巨噬细胞等出现异常，导致精子畸形率高。建议进行积极治疗，痊愈后精子畸形率下降，此时可以怀孕;

3、遗传疾病：如染色体异常、基因异常等遗传疾病，也可能导致精子畸形率高，这种情况不能怀孕;

4、其他：若存在精索静脉曲张、睾丸扭转、睾丸积液、输精管梗阻、输精管炎症结核等情况，也可能导致精子畸形率高，此时建议进行详细检查后，采取针对性的治疗措施，如睾丸扭转的患者可进行手术治疗。

精子畸形率高的男性可以去医院男科进行精液常规检查、泌尿系统检查、激素检查、染色体检查等相关检查，明确诊断后治疗。