通常情况下，食管胃黏膜异位手术疗效较好。食管胃黏膜异位手术中常用的是非接触性氩离子凝固术，是一种安全且有效的手术方式，可通过氩气离子束传导高频电流而进行治疗。该手术产生的组织损伤浅，一般不损伤深层组织，凝固深度具有自限性，能根除异位胃黏膜。术中、术后无出血、穿孔等并发症，术后异位胃黏膜会逐渐被新生的食管黏膜所代替，手术效果较好。

食管胃黏膜异位可发生于消化道的任何部位，但以颈部食管较常见。食管胃黏膜异位的发病机制未完全明确，多认为与胚胎发育异常有关。如果单层柱状上皮未完全被鳞状上皮代替，就会残留有柱状上皮，即食管胃黏膜异位。