如果女性患有巧克力囊肿后不知道如何处理，可以到医院进行检查，并在医生指导下通过药物治疗、手术治疗等方式改善。

一、原因

1.生理性因素：卵巢内异症是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次形成月经。若月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植于卵巢表面或盆腔其他部位形成的异位囊肿。

2.病理性因素：遗传也是引起该疾病的原因之一。免疫系统功能异常以及炎症刺激等也会诱发该疾病的发生。

二、治疗方法

1.药物治疗：对于症状较轻且没有生育要求的患者，可以在医生指导下使用孕三烯酮胶囊、地诺孕素片等药物进行治疗，能够起到抑制雌激素的作用，在一定程度上也能够缓解不适的症状。

2.手术治疗：如果患者的病情比较严重，而且已经影响到了正常的怀孕，则需要及时去医院进行手术治疗，比如根治性手术、保留生育功能手术等。

除此之外，建议患者在日常生活中注意饮食健康，避免吃辛辣油腻寒凉的食物，以免加重病情。同时还要保持良好的心态，避免情绪过于激动。如有不适，应及时就医诊治。