检查精子畸形率高，但仍然怀孕，此时需要进行其他检查，以明确是否为胚胎停育、生化妊娠、先兆流产、甲状腺功能异常等情况导致。

1、胚胎停育：如果精子畸形率高，但仍然可以正常怀孕，可以进一步检查血HCG、孕酮，B超检查以及自身症状，如是否有腹痛、阴道流血等症状，如果出现胚胎停育，则需要尽早终止妊娠;

2、生化妊娠：即隐性流产，可能会导致不来月经，但通过检查发现精子畸形率高，仍然可以怀孕。一般不需要进行特殊治疗，但需要注意多加休息，避免过度劳累，也可以遵医嘱服用黄体酮软胶囊等药物进行治疗;

3、先兆流产：检查精子畸形率高，但仍然怀孕，此时建议做孕酮和B超检查以及血HCG，如果出现宫腔内出血等情况，则可能是先兆流产导致，建议遵医嘱使用黄体酮软胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗;

4、甲状腺功能异常：甲状腺功能异常时也可能会导致不孕、月经紊乱等症状，从而出现精子畸形率高，但仍然怀孕的情况。此时需要在医生指导下使用丙硫氧嘧啶片等药物进行治疗，必要时需要终止妊娠。

除上述情况外，如果男性存在生殖系统感染、精索静脉曲张等，也可能会导致精子畸形率高，但仍然怀孕的情况。建议及时就诊进行治疗，比如存在感染时，可以遵医嘱使用注射用头孢曲松钠等抗生素药物进行抗感染治疗。