精子畸形症的治疗，需要根据导致精子畸形症的原因，比如精索静脉曲张、染色体异常、内分泌异常、生殖系统感染等，治疗所需要的费用并不完全相同。

1、精索静脉曲张：对于轻度的精索静脉曲张，可以考虑药物治疗，如迈之灵片、地奥司明片等。一般药物治疗的费用为1-2千元，而手术治疗的费用一般在1-2万元。通常医院级别越高，手术费用也会相应增加;

2、染色体异常：如果存在染色体异常，需进行染色体检查，明确是否存在克氏综合征等情况。染色体异常导致的精子畸形症，治疗难度较大，并且治疗周期较长，总体治疗费用在3-10万元。建议存在染色体异常的男性，在准备怀孕之前，可以提前进行遗传咨询;

3、内分泌异常：部分男性存在甲状腺功能低下、垂体功能减退等疾病，也会导致精子畸形症，还有一部分是由于雄激素水平不足导致，此时需要通过药物补充雄激素来治疗，如十一酸睾酮软胶囊等，总体治疗费用在3-10万元;

4、生殖系统感染：如果男性存在生殖系统感染，如前列腺炎症、睾丸炎等，也会导致精子畸形症。此时可选择抗生素类药物进行治疗，如头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊等，总体治疗费用在10-20万元;

5、其他原因：除上述原因外，还可能是由于长期饮酒吸烟、接触化学性毒物等所导致。如果是由于长期饮酒吸烟所导致的精子畸形症，建议戒烟戒酒，同时注意休息，大概1-2周时间，精子畸形症的情况会有所好转，整个治疗时间可能在1-2个月。