新冠肺炎疫苗接种后第三天发烧可能是不良反应，也可能是感冒引起的，可以通过物理和口服药物来缓解。

1、不良反应：接种新冠肺炎疫苗后，疫苗会在体内产生抗体。由于个体体质的差异和新冠肺炎疫苗本身的生物特征反应，患者可能会出现一些不良反应，如发烧、疲劳、头晕、肌肉酸痛、腹泻等症状，有些人身体敏感，接种疫苗后反应强烈。比如有的病人发烧低，有的病人发烧高。一般这种现象是正常的生理现象，不用太担心。若患者发烧在38.5℃以下，可使用冰块或冷毛巾进行局部冷敷，可有效退烧。如果患者发烧在38.5℃以下，可以用冰块或冷毛巾局部冷敷，可以有效退烧。如果患者超过38.5℃，应在医生的指导下使用解热药物，如布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚口服悬浮液等。