精子畸形成囊率低的原因，可能是由于精索静脉曲张、生殖系统感染、内分泌异常等引起的。

1.精索静脉曲张：精索静脉曲张是指精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致阴囊肿大、疼痛等症状。如果患有精索静脉曲张，可能会导致睾丸温度升高，从而影响精子的正常发育，导致精子畸形率增加。患者可以遵医嘱使用七叶皂苷钠片、地奥司明片等药物进行治疗。

2.生殖系统感染：生殖系统感染是指男性生殖器官受到细菌、病毒等病原体的侵袭而引起的炎症反应。生殖系统感染会导致睾丸生精功能障碍，从而影响精子的质量，导致精子畸形率增加。患者可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行抗感染治疗。

3.内分泌异常：内分泌异常是指体内激素水平出现异常的情况，如雄激素分泌不足或过量等。内分泌异常会影响睾丸的生精功能，从而导致精子质量下降，出现精子畸形率高的情况。患者可以在医生指导下服用丙酸睾酮软胶囊、甲磺酸溴隐亭片等药物进行治疗。

除上述常见原因外，还可能是其他因素导致的，比如染色体异常。建议患者及时就医，在医生指导下查明病因对症治疗。