精子畸形率高的患者是否可以自然怀孕，通常需要根据引起精子畸形率高的原因进行分析，常见引起精子畸形症的原因有环境因素、遗传因素、感染因素、内分泌因素等。

1、环境因素：如果精子畸形率高是由于环境因素所导致，比如长期接触化学物质，或经常在射线中工作，或经常接触重金属等，可能会导致精子的染色体异常，从而出现精子畸形率高的情况，但患者可以正常生育，如果可以正常生育，则可以自然怀孕;

2、遗传因素：部分患者精子畸形率高是由于遗传因素所导致，比如患者存在染色体异常，或Y染色体微缺失等，这种情况可能难以正常生育，如果患者想要生育，建议通过人工辅助生殖的方法来帮助怀孕;

3、感染因素：如果患者存在泌尿生殖系统感染问题，也可能会导致精子畸形率高，比如前列腺炎症、精囊炎等，这种情况会影响精子的质量，使精子畸形率更高，那么自然怀孕的概率就会降低，建议患者积极配合医生治疗原发疾病，等疾病治愈之后再考虑生育;

4、内分泌因素：男性体内的内分泌如果出现异常，也会导致精子畸形率高，比如患者存在甲亢、甲减等疾病，或是患者在服用某些药物，如糖皮质激素等，可能会导致激素分泌异常，从而导致精子畸形率高。此时建议患者及时就医，在医生指导下停用药物或更换药物。

出现精子畸形症时，建议患者及时去医院就诊，明确导致精子畸形率高的原因，并进行对症治疗。如果通过检查明确自身存在精子畸形症，则应在医生建议下进行备孕，在怀孕期间注意避免接触有毒有害的环境和放射性物质。