检查精子畸形率高多少钱，需要根据具体检查方式进行判断，不同的检查方式，费用也有所不同，常见的检查方式包括精液常规检查、精子形态分析、染色体检查、尿常规检查等。

1、精液常规检查：该检查主要是针对精液中的白细胞、红细胞、精子畸形率、活动率等进行检查，明确精子形态是否正常，费用一般在几百元左右;

2、精子形态分析：该检查主要是针对精子头部的畸形、精子液化程度进行判断，需要检测精子的头部畸形率，费用一般在几千元左右;

3、染色体检查：若进行的是染色体检查，因为需要检测染色体的数目、结构、功能等，所以总体检测费用在3000-5000元;

4、尿常规检查：若进行的是尿常规检查，主要是针对尿液中的白细胞、红细胞、尿蛋白等进行检查，判断是否存在泌尿系统疾病，费用一般在5-10元。

但不同医院存在的检测方法不同、所用设备不同，所以最终结果也会有一定的差异。建议可咨询当地正规医院，在医生指导下进行规范的精液常规检查，判断精子畸形率高的具体原因。如果存在精子质量方面的问题，可在医生指导下进行药物治疗，如盐酸左氧氟沙星片、五子衍宗丸等，也可同时遵医嘱应用叶酸片，有利于精子健康。