精子畸形率高但活动率正常，可能与不良生活习惯、环境因素、精索静脉曲张、内分泌异常等因素有关。当存在精子畸形率高但活动率正常的情况时，建议就医进行检查和治疗，避免影响生育能力。

1、不良生活习惯：男性长期大量吸烟、饮酒或频繁手淫，可能会导致精子数量少以及畸形率高，但精子活动率正常的情况。应当改善不良生活习惯，如戒烟戒酒，限制手淫以及性生活频率，合理休息，避免熬夜，通常能够逐渐恢复正常;

2、环境因素：男性长时间处于高温环境中工作或者经常接触一些化学毒物，可能会导致精子受到影响，引起精子畸形率高但活动率正常的情况，建议改善周围环境，并且遵医嘱口服生精片等药物进行调理;

3、精索静脉曲张：可能与精索静脉回流障碍以及静脉瓣功能不全等因素有关，可导致睾丸局部血流不通畅，就会对精子的形态造成影响，导致精子畸形率高但活动率正常，严重时还会引起男性不育。确诊后可遵医嘱使用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗，严重时需考虑手术疗法，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术;

4、内分泌异常：当存在内分泌异常时，如缺乏微量元素锌、镁等，可能会导致精子的生成以及代谢出现异常，就可导致精子畸形率高但活动率正常，确诊以后应当遵医嘱口服补充微量元素的药物进行调理，如复合维生素片、左卡尼汀口服溶液等。