连花清瘟胶囊与双黄连口服液的主要区别在于药物类型、性状、药物成分、功效和治疗疾病的不同。

1、不同类型的药物：连花清瘟胶囊属于清脏腑热剂，而双黄连口服液属于清凉解表剂；

2、性质不同：连花清瘟胶囊为硬胶囊，内容为棕黄色至黄棕色颗粒或粉末，气味相对香，但味道微苦，双黄连口服液有两种性质，是棕红色澄清液，甜微苦，也可为深棕色澄清液，苦微甜；

3、不同的药物成分:连花清瘟胶囊的主要成分有连翘、金银花、麻黄、炒杏仁、石膏、板蓝根、绵马贯众、鱼腥草等。双黄连口服液的主要成分是金银花、黄芩、连翘；

4、功效不同：连花清瘟胶囊的主要功效是清瘟解毒、宣肺泄热，而双黄连口服液的主要功效是疏风解表，还能起到清热解毒的作用；

5、不同的疾病治疗：连花清瘟胶囊可用于辅助治疗流行性感冒，如头痛、咳嗽、肌肉疼痛、苔藓黄、寒冷、高烧等。双黄连口服液主要用于辅助治疗外感风热引起的感冒。