小男孩包皮过长是否会疼，需要根据具体情况进行分析。大部分小男孩包皮过长不会疼，但如果小男孩存在龟头炎、尿路感染、尿道结石等疾病时，则可能会疼。

一、不会疼：

对于大部分小男孩而言，包皮过长属于生理性情况，若包皮过长的情况不严重，平时未经常清洗，一般不会出现疼痛的症状。

二、会疼：

1、龟头炎：如果小男孩不注意个人卫生，导致龟头被细菌感染时，可能会出现龟头炎的情况。此时由于炎症刺激，会导致龟头部位出现疼痛，常伴有龟头红肿的症状;

2、尿路感染：若小男孩不注意个人卫生，导致尿道口被细菌感染时，可能会引起尿路感染的情况，此时会导致尿道部位受到细菌侵袭，出现疼痛的症状;

3、尿道结石：如果小男孩存在尿道结石的情况时，在结石的刺激下，会出现疼痛的症状。

除上述原因外，包皮过长合并龟头溃疡、尿道炎、生殖器疱疹等疾病时，也可能会导致小男孩出现此症状。建议家长及时带小男孩前往医院小儿外科就诊，完善视诊、血常规等检查，明确诊断后遵医嘱进行针对性治疗。同时，平时应注意保持生殖器部位的卫生清洁，可以每天用温水清洗龟头和包皮部位，避免滋生细菌。