精子畸形率高、习惯性流产，可能与不良生活习惯、染色体异常、精索静脉曲张、睾丸炎等因素有关，确诊以后要进行针对性治疗，包括一般治疗、药物治疗、手术治疗。

1、不良生活习惯：男性长期大量吸烟、饮酒或熬夜，可能会导致精子畸形率高、习惯性流产。建议男性戒烟、戒酒，避免熬夜，保证充足睡眠;

2、染色体异常：当男性患有无精子症或者是精子畸形率高时，可能与夫妻双方染色体异常有关，可导致精子异常，引起习惯性流产。确诊后可遵医嘱进行人工受精或者是试管婴儿手术;

3、精索静脉曲张：可能与精索静脉回流障碍、静脉瓣功能不全等因素有关，可导致生精功能出现障碍，引起精子畸形率高，还可能会引起不育。确诊后可遵医嘱使用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗，对于严重精索静脉曲张患者，应考虑进行手术治疗，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术;

4、睾丸炎：可能与细菌感染有关，可导致睾丸局部组织受损，就会影响到精子的质量，可能会导致精子畸形率高，还可能会引起习惯性流产、睾丸疼痛等症状。确诊后可遵医嘱使用抗菌药物治疗，例如盐酸环丙沙星片、阿奇霉素片等。

除上述情况外，如果男性存在前列腺癌、睾丸癌等疾病，也可能会导致精子畸形率高、习惯性流产。建议男性就医完善相关检查明确诊断，并根据病因进行针对性治疗。