阴茎根部尖锐湿疣激光治疗效果不佳时，可能是由于复发、未彻底清除病灶等原因导致。建议及时就医，在医生指导下进行药物或手术治疗。

一、原因

1.复发：如果在治疗过程中没有注意个人卫生或者再次感染人乳头瘤病毒，则可能导致病情反复发作；

2.未彻底清除病灶：如果使用激光等物理方法治疗后，没有将病灶完全去除干净，也可能出现上述情况。

二、治疗

1.药物治疗：对于复发的患者可以遵医嘱外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等药物局部涂抹，也可以通过口服转移因子胶囊、胸腺肽肠溶片等提高免疫力，有助于抑制病毒复制，从而促进疾病恢复；

2.手术治疗：如果经过检查发现还有残留的尖锐湿疣，可以通过手术切除的方式将其去除，并且需要定期复查，避免复发。

还可以选择光动力疗法、微波治疗等方式改善症状。日常生活中要注意保持局部清洁干燥，勤换洗内裤，饮食上以清淡为主，不要吃辛辣刺激性的食物，如辣椒、大蒜等。同时还要注意避免不洁性生活，以免加重病情。