精索手术后精子畸形率高可能是由于术后感染、药物影响、射精管梗阻等原因导致，患者需要根据不同的原因进行治疗。

1.术后感染：如果在精索手术后不注意局部卫生，可能会导致细菌侵入，从而引起感染的情况。此时会导致局部出现红肿、疼痛等症状，并且还会伴有精子畸形率升高的情况。患者可以在医生的指导下服用抗生素类的药物进行抗炎治疗，比如阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等，同时也可以使用碘伏溶液对局部进行擦拭，能够起到杀菌消炎的作用。

2.药物影响：如果在做完手术以后服用了大量的抗生素类的药物，比如头孢拉定胶囊、阿莫西林胶囊等，这些药物具有一定的副作用，会抑制精子的活性，从而出现精子畸形的情况。此时可以停止用药一段时间，一般不需要特殊治疗。

3.射精管梗阻：如果在做完手术以后出现了射精管梗阻的情况，也会导致精子畸形的情况发生。此时可以通过尿道扩张术的方式进行治疗，必要时也可以通过输精管吻合术等方式进行改善。

除此之外还有可能是睾丸炎、附睾炎等原因引起的，在日常生活中要注意个人卫生，勤换洗衣物。