儿童胃肠道感冒高烧39℃，有高烧惊厥的可能性，需要积极退烧。建议及时到医院，在医生的指导下采取退烧措施，包括物理治疗和药物治疗。

物理治疗：一是物理治疗：

1、减少衣服：胃肠道感冒发烧39℃时，应避免过度保暖，如穿厚衣服、厚被子等，会使体液流失，影响身体的散热。建议适当减少儿童的衣服，使散热更快；

2、擦拭身体：用温毛巾擦拭孩子的前额、颈部、手掌、脚掌，必要时给孩子洗个温水澡，帮助体温快速下降；

3、室内降温：夏季儿童胃肠感冒高烧39℃，可适当打开空调，降低周围环境温度。

二、药物治疗：

1、对症治疗：儿童胃肠道感冒高烧39℃，应及时听从医生的建议口服退烧药，临床常用布洛芬糖浆、对乙酰氨基酚糖浆等药物，根据公斤、体重选择合适的剂量给儿童。你也可以用肛门栓塞进肛门，也可以迅速将体温降低到正常水平；

2、治疗：如果儿童胃肠道感冒高烧39℃是由病毒感染引起的，可使用抗病毒药物，如四季抗病毒合剂、连花清瘟胶囊、儿童黑豆翘曲清热颗粒等。如果是由细菌感染引起的，你可以听从医生的建议，使用头孢菌素药物，如阿莫西林、儿童头孢克啶颗粒、儿童头孢羟氨铵等，但在儿童对头孢菌素不过敏的情况下使用。

上述药物需要在医生的指导下使用，不得擅自使用，以免产生不良反应。儿童在胃肠道感冒和高烧时，容易脱水，导致体温升高。如果呕吐和腹泻症状严重，他们可以口服补液盐来补充体液。此外，在日常饮食中，我们需要减少摄入量，选择清淡易消化的食物，尽量吃流质食物，半流质食物，多喝水，多休息，都有助于儿童的康复。