精子畸形率正常但是活力低，可能与不良生活习惯、环境因素、精索静脉曲张、内分泌异常等因素有关。当存在精子畸形率正常但是活力低的情况时，建议就医进行检查和治疗，避免影响生育能力。

1、不良生活习惯：男性经常手淫或频繁性生活，可能会导致精子数量减少或质量下降，就会导致精子畸形率正常但是活力低，应当规避不良生活习惯，多休息，避免过度劳累;

2、环境因素：男性长时间处于高温环境中工作或者经常接触一些化学毒物，可能会导致生精功能低下，就会导致精子畸形率正常但是活力低，应当脱离高温环境，并且合理休息，通常能够逐渐恢复正常;

3、精索静脉曲张：当存在精索静脉曲张疾病时，可能会导致睾丸局部血流不通畅，影响到睾丸生成精子的能力，就可导致精子畸形率正常但是活力低，严重时还会引起男性不育。确诊以后可遵医嘱使用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗，对于严重的精索静脉曲张，例如已经引起了男性不育，还应考虑手术疗法，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术;

4、内分泌异常：男性长时间饮酒吸烟、频繁手淫等因素可能会诱发内分泌异常，比如睾酮分泌异常或者甲状腺功能异常，可能会影响到精子的生成以及存活，就可导致精子畸形率正常但是活力低。确诊以后应当遵医嘱使用相应的药物调理，如睾酮片、甲睾酮片等。