1、在成分方面，小柴胡颗粒为纯中药制剂，全部由中药组成，999感冒精神颗粒为中西药复合制剂，除中药成分外，还含有咖啡因、对乙酰氨基酚、扑尔敏等西药成分，也导致缓解症状，感冒精神颗粒效果比小柴胡颗粒快。此外，由于这些西医成分，感冒精神颗粒的副作用相对较大，可导致嗜睡、嗜睡、口渴、虚弱等症状，而小柴胡颗粒通常很少引起明显的不良反应。

2、在功效方面，小柴胡颗粒具有解表散热、放松肝脏和胃的作用，用于少阳证引起的冷热、口苦、咽干、胸胁、心烦、恶心呕吐等，更注重治疗原因。感冒精神颗粒主要具有解热镇痛的作用，用于头痛、发烧、鼻塞、流鼻涕、咽痛引起的感冒，对感冒引起的症状有良好的缓解作用，在普通感冒的早期使用效果较好。