精子畸形症要治疗多久，主要取决于导致精子畸形的原因，可能与不良生活习惯、环境因素、精索静脉曲张、内分泌因素等有关，可能需要治疗1-3个月，或者更长时间。

1、不良生活习惯：比如经常抽烟、喝酒，长期熬夜、精神压力大等，可能会导致精子畸形率增加，但这种情况通过调整生活习惯，一般可以在1-3个月改善。建议平时养成良好的生活习惯，合理作息，不要熬夜，不要过度劳累，合理地进行锻炼，控制好烟酒的摄入;

2、环境因素：如果长期处于污染环境当中，或者经常接触一些化学放射性元素，可能会导致精子的畸形率增加。这种情况建议及时脱离有毒环境，或者减少接触放射性物质的次数，大部分患者需要治疗1-3个月左右;

3、精索静脉曲张：精索静脉曲张可能会影响到睾丸部位的血液循环，使睾丸部位的温度降低，影响到精子的质量，导致精子畸形率增加。这种情况一般需要治疗3个月左右，可以在医生指导下使用迈之灵片、地奥司明片等药物治疗，必要时可以进行手术治疗，如腹腔镜下精索静脉高位结扎手术;

4、内分泌因素：男性患者长期患有慢性前列腺炎，还有可能与雄性激素分泌异常有关，从而导致精子畸形率增加。建议遵医嘱使用药物治疗，如阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等，一般需要治疗3个月左右，前列腺炎症状得到缓解后，精子畸形症的情况才可以得到改善。

精子畸形症还可能与染色体异常、辐射因素、心理因素等有关，建议去医院男科进行精液常规检查、核磁共振检查等项目，明确病因后积极治疗。