蜡样芽孢杆菌活菌片主要用于治疗婴幼儿腹泻、慢性腹泻、肠功能障碍和肠炎。该药物属于调节肠道菌群的药物。在用药过程中一般不会产生明显的不良反应，也没有确切的禁忌症。常用量一般为每天三次、一次、两次。儿童需要减半服用。婴儿服用时，可在服用前加入少量温开水或乳液溶解。

服用后，蜡芽孢杆菌进入肠道会消耗过多的氧气，创造厌氧环境，促进厌氧菌生长，调节肠道菌群紊乱，改善人体微环境，达到治疗目的。因此，该药物相对安全，很少发生不良反应。